Ghost of Tsushima, 13. yüzyılın sonlarında, Moğol İmparatorluğu’nun Japonya’yı işgal girişimi sırasında geçen epik bir hikâyeyi anlatır. Oyun, Tsushima Adası’nın samurayı Jin Sakai’nin gözünden ilerler; Jin, Moğol istilasına karşı adasını ve halkını korumakla görevli asil bir savaşçıdır. Ancak geleneksel samuray savaş teknikleri ve onur kuralları, Moğol ordusunun acımasız ve beklenmedik taktikleri karşısında yetersiz kalır. Jin, hem samuray mirasını korumak hem de halkını kurtarmak için “Hayalet” adını alan yeni ve daha esnek bir savaş tarzını benimsemek zorunda kalır.